长期以来，我国环保管理体制具有比较强的地方性和分散性，人员由地方任命，财政也来源于地方。这一体制在实践中容易导致地方保护主义，对地方政府及其相关部门的监督责任难以落实，也不利于统筹解决跨区域、跨流域环境问题。“十三五”规划《建议》提出，实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度。这是对环保管理体制的一项重大改革，有利于加大环境治理力度，以提高环境质量为核心实行最严格的环境保护制度，形成政府、企业、公众共同参与的环境治理体系。
有利于提高政府监管效能。环保垂直管理能够更好约束地方政府行为。我国国土辽阔，区域生态多样，与地方相关的环境利益关系复杂。要让环保法律和政策在各地得到严格贯彻落实，就需要加强相关政府部门责任，隔离环保管理权力与地方利益，强化监测监督力度，遏制地方保护主义，增强执法效率。实行环保垂直管理有利于打破环境保护分割分治局面，调整不同地方环境利益冲突，满足生态系统整体保护要求。比如，针对近年来一些地方环评技术服务市场“红顶中介”现象，环保垂直管理要求限期完成环评机构脱钩改制，规范环评技术服务市场，深化环评审批改革，加强权力运行监督，防止不当利益输送。
有利于保证市场有效运作。市场在资源配置中起决定性作用，环境资源保护也须加快引入市场机制。环境治理不能仅依靠政府监测监察执法，还需要构建更多运用经济杠杆的市场体系。比如，节能环保产业、污染第三方治理、排污权交易和碳汇交易、环保服务、绿色金融、生态补偿、环境责任保险、自然资源产权流转、合同节水管理等方面，涉及多种市场行为，应主要通过市场进行调整规制。当前，我国环保市场发育程度还较低，而绿色发展的要求又日益紧迫。在此背景下，通过垂直管理实行严格环境保护是有效选择。以排污权交易和碳汇交易为例，它们是绿色发展中比较具有活力的市场行为，对环境信息的真实性和准确性要求高。环保垂直管理机制有利于建立统一科学的信息评价体系、公正严格的监测监督体系，实现环境保护市场机制有效运作。
有利于加大追责力度。建立覆盖所有固定污染源的企业排放许可制与环境垂直管理制度，是相互关联的两项改革。在环境保护中，企业排放许可制是基础性制度，但我国在这一制度的执行方面长期存在困难。究其原因，主要是地方政府管理不到位。法律和政策都对企业规定了严格责任，但政府对企业特别是基层企业违法排污缺乏有效监管和处罚。实行环保垂直管理后，地市一级环保管理将实行以省级环保机构管理为主的双重管理体制，县级环保部门不再单设而是作为地市级环保部门的派出机构。这是我国环境管理体制的一项重大改革，有利于增强环境执法的统一性、权威性、有效性。这一改革将促进企业排放许可制有效实施，从根本上解决违法排放和无序排放问题。同时，环境执法垂直管理也意味着执法和追责力度加大，有利于形成企业主体责任、地方政府监管责任、上级部门监察责任相结合的环境保护监管监察责任体系。
有利于调动公众积极性。扭转环境恶化、提高环境质量是广大人民群众的热切期盼，是“十三五”时期必须切实推进的一项重要工作。环保垂直管理将净化环保执法环境，根治一些地方重发展、轻环保以及地方保护干预环保等痼疾，健全社会参与监督体制，保证公众有效参与环境保护。例如，我国环境影响评价制度中有公众参与听证会的形式，但实践中一些地方对于小型建设项目往往以污染规模较小等理由省略或排斥听证会的举行。环保垂直管理机制实施后，可以由上级监管机构督促听证会举行，而不必受制于地方政府。
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